Η χρόνια παραρρινοκολπίτιδα, οφείλεται σε μια ετερογενή ομάδα αιτίων. Δηλ. διαφορετικά αίτια μπορούν να προκαλέσουν χρόνια παραρρινοκολπίτιδα.
Τα κυριότερα αίτια είναι τα εξής:
- Μικροβιακή φλεγμονή, που οφείλεται σε μικρόβια, που επιδεικνύουν ανθεκτικότητα στα χορηγούμενα αντιβιοτικά, παρ’ ότι χορηγούνται για μεγάλο χρονικό διάστημα, στους πάσχοντες ασθενείς. Τα μικρόβια αυτά, συνήθως είναι περισσότερα από ένα και παράγουν μια <μεμβράνη>, η οποία εμποδίζει τους αμυντικούς μηχανισμούς του οργανισμού να τα εξουδετερώσει (BIOFILMS)
- Φλεγμονή γειτονικών ιστών, που εξαπλώνεται στους παραρρίνιους κόλπους (πχ οδοντογενή ιγμορίτιδα)
- Φλεγμονή από μύκητες (σπάνια)
- Υπερευαισθησία σε ουσίες που βρίσκονται σε μικρόβια ή σε μύκητες, που έχουν αναπτυχθεί μέσα στην μύτη και στους παραρρίνιους κόλπους.Τα μικρόβια και οι μύκητες αυτοί, δεν είναι επικίνδυνοι, αλλά κατά λάθος, ο οργανισμός ορισμένων ανθρώπων, θεωρεί ότι οι προαναφερόμενες ουσίες είναι καταστροφικές για αυτόν (τον οργανισμό). Για αυτό το λόγο προκαλεί φλεγμονή προς εξουδετέρωση των ουσιών αυτών και των μικροοργανισμών που φέρουν τις υποτιθέμενες επικίνδυνες για τον οργανισμό, ουσίες. Η συνεχής και μόνιμη φλεγμονή, προς εξουδετέρωση των ουσιών αυτών και των μικροοργανισμών που τις φέρουν, προκαλεί οίδημα (πρήξιμο) του βλεννογόνου της μύτης και των παραρρινίων κόλπων και υπερπαραγωγή εκκρίσεων.
Όλες οι προαναφερόμενες αιτίες, που προκαλούν χρόνια παραρρινοκολπίτιδα, δηλ. μικροβιακή φλεγμονή, υπερευαισθησία σε ουσίες που βρίσκονται σε μικροοργανισμούς, φλεγμονή γειτονικών ιστών που εξαπλώνεται στους παραρρίνιους κόλπους, φλεγμονή από μύκητες (σπάνια), προκαλούν συνεχή και μόνιμη φλεγμονή του βλεννογόνου της μύτης και των παραρρίνιων κόλπων, με αποτέλεσμα οίδημα (πρήξιμο) του προαναφερόμενου βλεννογόνου, υπερπαραγωγή εκκρίσεων, πιθανόν ανάπτυξη πολυπόδων και τέλος αναστολή λειτουργίας των τριχιδίων, των κυττάρων του βλεννογόνου των παραρρινίων κόλπων και μύτης.